Index

_

__version__ (in module pytximport)

A

abundance (pytximport.definitions.OmicData attribute)

C

cli() (in module pytximport) convert_abundance_to_counts() (in module pytximport.utils) convert_counts_to_tpm() (in module pytximport.utils)

convert_transcripts_to_genes() (in module pytximport.utils) counts (pytximport.definitions.OmicData attribute) create_transcript_gene_map() (in module pytximport.utils) create_transcript_gene_map_from_annotation() (in module pytximport.utils)

F

filter_by_biotype() (in module pytximport.utils)

G

gene_id (pytximport.definitions.GeneData attribute)

GeneData (class in pytximport.definitions) get_median_length_over_isoform() (in module pytximport.utils)

I

inferential_replicates (pytximport.definitions.OmicData attribute)

InferentialReplicates (class in pytximport.definitions)

L

length (pytximport.definitions.OmicData attribute)

M

module pytximport pytximport.core pytximport.definitions pytximport.importers pytximport.utils

O

OmicData (class in pytximport.definitions)

P

parse_dataframe() (in module pytximport.importers) pytximport module pytximport (in module pytximport) (in module pytximport.core) pytximport.core module

pytximport.definitions module pytximport.importers module pytximport.utils module

R

read_inferential_replicates_kallisto() (in module pytximport.importers) read_inferential_replicates_piscem() (in module pytximport.importers) read_inferential_replicates_salmon() (in module pytximport.importers) read_kallisto() (in module pytximport.importers) read_piscem() (in module pytximport.importers) read_rsem() (in module pytximport.importers)

read_salmon() (in module pytximport.importers) read_tsv() (in module pytximport.importers) remove_transcript_version() (in module pytximport.utils) replace_missing_average_transcript_length() (in module pytximport.utils) replace_transcript_ids_with_names() (in module pytximport.utils) replicates (pytximport.definitions.InferentialReplicates attribute)

S

summarize_rsem_gene_data() (in module pytximport.utils)

T

transcript_id (pytximport.definitions.TranscriptData attribute) TranscriptData (class in pytximport.definitions)

tximport() (in module pytximport) (in module pytximport.core)

V

variance (pytximport.definitions.InferentialReplicates attribute)